งบประมาณของ สสส. เมื่อนำไปเปรียบเทียบกับกลไกงบประมาณของหน่วยงานภาครัฐจะเห็นได้ชัดเจนว่า งบประมาณของ สสส. ไม่ได้มีสัดส่วนเพิ่มขึ้น เมื่อเปรียบเทียบกับงบประมาณแผ่นดินงบประมาณรายจ่ายของกระทรวงสาธารณสุข หรืองบประมาณหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ จะพบว่า รายรับของ สสส. มีสัดส่วนที่มีแนวโน้มลดลงอย่างต่อเนื่องตั้งแต่ พ.ศ.๒๕๔๕-๒๕๕๗ โดยใน พ.ศ.๒๕๕๗ สัดส่วนงบประมาณของ สสส. คิดเป็นเพียง ร้อยละ ๐.๑๖ ของงบประมาณรายจ่ายแผ่นดิน คิดเป็น ร้อยละ ๓.๗๕ เมื่อเทียบกับงบประมาณของกระทรวงสาธารณสุข และ ร้อยละ ๒.๕๘ เมื่อเทียบกับงบประมาณของหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ

    ที่สำคัญ คือ รายรับของ สสส. ส่วนนี้มาจากการจัดเก็บภาษีสุราและยาสูบ ร้อยละ ๒ โดยจัดเก็บภาษี “เพิ่ม” จากบริษัทผู้ผลิตและนำเข้าเครื่องดื่มแอลกอฮอล์และยาสูบโดยตรง ซึ่งเป็นรายได้เพิ่มจากการจัดเก็บภาษีปกติมา “เสริม” งบประมาณในการทำงานด้านสุขภาพปกติ ซึ่งงบประมาณด้านสร้างเสริมสุขภาพ และป้องกันของประเทศไทย มีสัดส่วนที่ต่ำอยู่แล้ว โดยสัดส่วนด้านการรักษาพยาบาลสูงกว่า ร้อยละ ๙๐

    ทั้งนี้ การเพิ่มขึ้นของรายได้ สสส. จากสุราและยาสูบไม่ได้หมายถึง การสูบบุหรี่ หรือดื่มสุราของ
ประชากรไทยเพิ่มขึ้น ตรงกันข้ามอัตราการสูบบุหรี่ของประชากรไทย มีแนวโน้มลดลงจากแนวโน้มเดิมอย่างต่อเนื่องตลอด ๑๕ ปีที่ก่อตั้ง สสส. ขณะที่การบริโภคสุราที่พุ่งขึ้นสูงต่อเนื่องมาหลายทศวรรษก่อนการก่อตั้ง สสส. ก็มีแนวโน้มที่ไม่เพิ่มขึ้น ทั้งที่โดยปกติอัตรานี้จะเพิ่มสัมพันธ์กับการเพิ่มผลผลิตมวลรวมประชาชาติซึ่งประเทศไทยมีอัตราเติบโตมาโดยตลอด

    ทั้งนี้ตัวอย่างจากแผนภาพด้านล่าง จะเห็นอัตราการสูบบุหรี่ของประชากรไทยที่อายุ ๑๕ ปีขึ้นไปลดลงอย่างต่อเนื่อง แต่ภาษีสรรพสามิตยาสูบสูงขึ้นตามลำดับ อันมีสาเหตุสำคัญจากการขึ้นอัตราภาษีสรรพสามิตยาสูบอย่างต่อเนื่อง จากร้อยละ ๕๕ ใน พ.ศ.๒๕๓๔ เพิ่มเป็น ร้อยละ ๘๗ ใน พ.ศ.๒๕๕๘ โดยอัตราภาษีที่เพิ่มนี้จะไปคูณกับราคาต้นทุนของผลิตภัณฑ์ยาสูบ ซึ่งก็มีแนวโน้มที่จะสูงขึ้นตามอัตราเงินเฟ้อโดยปกติด้วย

    อย่างไรก็ตาม แม้ว่าอัตราการบริโภคยาสูบและสุราจะเปลี่ยนแปลงไปในทิศทางที่ลดลงกว่าแนวโน้มเดิมการจะสรุปว่า ผลการดำเนินงานของ สสส. ประสบความสำเร็จหรือไม่นั้น ไม่ได้ขึ้นอยู่กับการเพิ่มหรือลดการบริโภคสุราและยาสูบ เพราะนอกจากไม่เป็นธรรมกับการดำเนินงานของ สสส. แล้ว ยังไม่สอดคล้องกับข้อเท็จจริง เนื่องจากวัตถุประสงค์การทำงานของ สสส. ครอบคลุมการสร้างเสริมสุขภาพแบบองค์รวมโดยตัวชี้วัดที่เกี่ยวข้องกับสุราและยาสูบเป็นเพียงส่วนหนึ่งของตัวชี้วัดขององค์กร ซึ่งปกติจะมีประมาณ ๑๒๐-๑๖๐ ตัวชี้วัด จาก ๑๕ แผนเท่านั้น และการควบคุมยาสูบและเครื่องดื่มแอลกอฮอล์เป็นการดำเนินงานร่วมขององค์กรต่างๆ จำนวนมาก

    ตัวชี้วัดขององค์กร สสส. ถูกกำหนดจากงานที่ทำ ซึ่งได้แบ่งการทำงานเป็นประเด็นต่างๆ โดยใช้การศึกษาภาวะโรคของประเทศไทยที่วิจัยว่า คนไทยมีปัญหาจากปัจจัยเสี่ยงและภาระโรคใดบ้างเป็นอันดับต้นๆ อาทิ สุรา ยาสูบ อาหาร สุขภาวะทางเพศ ฯลฯ รวมทั้งยังพิจารณาถึงกลุ่มประชากรที่มีความสำคัญตามหลักวิชาของการสร้างเสริมสุขภาพ อาทิ กล่มุ เด็กเยาวชน กลุ่มผู้ด้อยโอกาส ทำให้ สสส. แบ่งแผนเชิงปฏิบัติการตามหลักคิดยุทธศาสตร์และข้อมูลทางวิชาการ และกำหนดประเด็นการทำงานทั้งสิ้น ๑๕ แผน ได้แก่ (๑) แผนควบคุมยาสูบ (๒) แผนควบคุมเครื่องดื่มแอลกอฮอล์และสิ่งเสพติด (๓) แผนการจัดการความปลอดภัย และปัจจัยเสี่ยงทางสังคม (๔) แผนควบคุมปัจจัยเสี่ยงทางสุขภาพ (๕) แผนสุขภาวะประชากรกลุ่มเฉพาะ (๖) แผนสุขภาวะชุมชน (๗) แผนสุขภาวะเด็ก เยาวชน และครอบครัว (๘) แผนสร้างเสริมสุขภาวะในองค์กร (๙) แผนส่งเสริมกิจกรรมทางกาย (๑๐) แผนระบบสื่อและวิถีสุขภาวะทางปัญญา (๑๑) แผนสร้างสรรค์โอกาสและนวัตกรรมสุขภาวะ (๑๒) แผนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพผ่านระบบบริการสุขภาพ (๑๓) แผนพัฒนาระบบและกลไกสนับสนุนเพื่อการสร้างเสริมสุขภาพ (๑๔) แผนอาหารเพื่อสุขภาวะ และ (๑๕) แผนสร้างเสริมความเข้าใจสุขภาวะ

    ในมาตรา ๓๗-๓๙ แห่งพระราชบัญญัติกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ พ.ศ.๒๕๔๔ ได้กำหนดแนวทางการประเมินความสำเร็จของการดำเนินงานของ สสส. โดยให้อำนาจคณะกรรมการประเมินผลการดำเนินงาน สสส. ซึ่งจะต้องเป็นผู้ที่มีความรู้ด้านการเงินและการประเมินผล (แต่งตั้งจากคณะรัฐมนตรี โดยการเสนอแนะของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง) เป็นผู้กำหนดตัวชี้วัดผลการดำเนินงานตามภารกิจของ สสส. ตามหลัก balanced scorecard ซึ่งคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ เสนอคณะรัฐมนตรี ให้ใช้เป็นกรอบการประเมินกองทุนหมุนเวียน และได้ผนวกหลักเกณฑ์การประเมินกองทุนหมุนเวียนของกรมบัญชีกลางกระทรวงการคลัง รวมเป็น ๕ ด้าน ได้แก่ ๑) ด้านผลสัมฤทธิ์ตามพันธกิจ ๒) ด้านการเงิน ๓) ด้านการปฏิบัติการ ๔) ด้านการสนองประโยชน์ต่อผู้มีส่วนได้ส่วนเสีย และ ๕) ด้านการบริหารพัฒนาทุนหมุนเวียน

    ทั้งนี้ คณะกรรมการประเมินผลการดำเนินงาน สสส. ได้สรุปผลการประเมินด้านผลสัมฤทธิ์ตามพันธกิจของ สสส. อยู่ในระดับดีขึ้นอย่างต่อเนื่อง โดยผลการประเมินในปีงบประมาณ พ.ศ.๒๕๕๙ สสส. มีผลสัมฤทธิ์ตามพันธกิจอยู่ที่ระดับ ๔.๗๙ คะแนน จากคะแนนเต็ม ๕.๐๐ คะแนน และผลการดำเนินงานในด้านอื่นๆ อยู่ในระดับดีและดีมาก ส่งผลให้ภาพรวมผลการดำเนินงานขององค์กรในปีงบประมาณ พ.ศ.๒๕๕๙ ได้คะแนนรวมเฉลี่ยอยู่ที่ ๔.๕๖ คะแนน

    ทั้งนี้ การดำเนินงานควบคุมยาสูบและเครื่องดื่มแอลกอฮอล์เป็นการทำงานที่ต้องอาศัยความร่วมมือของหลายฝ่าย ทั้งหน่วยงานภาครัฐ ภาคประชาสังคม และหน่วยงานเอกชน โดยเฉพาะผู้มีอำนาจในการกำหนดนโยบายตามแผนยุทธศาสตร์ชาติ เพื่อให้การดำเนินการควบคุมยาสูบและเครื่องดื่มแอลกอฮอล์เกิดความสำเร็จสูงสุด ตามแผนยุทธศาสตร์การควบคุมยาสูบแห่งชาติ พ.ศ.๒๕๕๗-๒๕๖๒ ที่ได้กำหนด ๖ ยุทธศาสตร์การดำเนินงาน และแผนยุทธศาสตร์นโยบายแอลกอฮอล์ระดับชาติ พ.ศ.๒๕๕๔-๒๕๖๓ ได้กำหนด ๕ ยุทธศาสตร์การดำเนินงาน ซึ่งมีหน่วยงานมากกว่า ๒๐ หน่วยงาน ที่เป็นส่วนสำคัญในการดำเนินงานตามแผนยุทธศาสตร์ชาติ

    ดังนั้นตลอดระยะเวลาในการดำเนินงานที่ผ่านมาของ สสส. ตระหนักดีว่าความสำเร็จในการลดอัตราการสูบบุหรี่และบริโภคสุราของประชากรไทยไม่ใช่ผลงานของ สสส. หรือภาคีเครือข่ายเพียงหน่วยงานใดหน่วยงานหนึ่ง แต่เป็นความร่วมมือและถือเป็นความสำเร็จจากการทำงานร่วมกันของทุกหน่วยงานตามภารกิจที่อยู่ในความรับผิดชอบของตนเอง ซึ่งล้วนส่งผลต่อการเพิ่มขึ้นหรือลดลงของอัตราการสูบบุหรี่และบริโภคสุราที่ทุกหน่วยงานได้ร่วมมือกันในการดำเนินงานอย่างเต็มที่

    แม้ว่าตามพระราชบัญญัติกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ พ.ศ.2544 กำหนดให้กองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ จัดเก็บเงินบำรุงกองทุนสนอัตรา ร้อยละ 2 โดยตรงจากผู้เสียภาษีสุราและยาสูบ โดยไม่ต้องผ่านกลไกการจัดทำงบประมาณแผ่นดิน แต่ก็ได้กำหนดให้ สสส. ต้องมีกลไกการตรวจสอบ ควบคุม และประเมินผลการใช้งบประมาณเพิ่มมากขึ้นกว่าระบบราชการหรือองค์กรรัฐ โดยนอกจากมีคณะกรรมการกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ ที่มีนายกรัฐมนตรี เป็นประธาน และมีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข เป็นรองประธาน หรืออาจเรียกว่าเป็นคณะกรรมการบริหารแล้ว ยังกำหนดให้มีคณะกรรมการประเมินผล ที่คณะรัฐมนตรีแต่งตั้งตามข้อเสนอของกระทรวงการคลัง ทำหน้าที่ประเมินผลภาพรวมเพิ่มอีกคณะหนึ่งด้วย ในแต่ละปีจะมีระบบการกำกับตรวจสอบ โดยสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน (สตง.) และการรายงานตรงต่อคณะรัฐมนตรี สภาผู้แทนราษฎร และวุฒิสภา นอกจากนั้นยังได้รับการตรวจสอบเพิ่มเติมจากสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ (กพร.) คณะกรรมการกองทุนหมุนเวียน กรมบัญชีกลาง กระทรวงการคลัง รวมถึงยังถูกตรวจสอบอย่างต่อเนื่องจากสื่อมวลชนอีกด้วย

    ขณะเดียวกัน สสส. กำหนดให้มีระบบการตรวจสอบภายในที่เข้มข้น อาทิ คณะอนุกรรมการตรวจสอบภายในของคณะกรรมการบริหาร และผู้ตรวจสอบภายในที่เป็นอิสระจากฝ่ายบริหาร

    อีกทั้ง ยังมีการกำหนดจรรยาบรรณ จริยธรรมสำหรับคณะกรรมการกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ ผู้บริหาร และเจ้าหน้าที่ มาตั้งแต่ พ.ศ.2545 ตัวอย่างเช่น ต้องหลีกเลี่ยงผลประโยชน์ทับซ้อนหรือกรรมการที่เกี่ยวพันกับผู้เสนอขอรับทุน จะต้องเปิดเผยถึงความเกี่ยวพัน หลีกเลี่ยงการร่วมพิจารณา และละเว้นการชักจูงใจ หรือกดดันผู้มีส่วนเกี่ยวข้องกับการพิจารณาโครงการ หรือต้องมุ่งผลสัมฤทธิ์ของงาน รักษามาตรฐาน มีคุณภาพ โปร่งใส และตรวจสอบได้

    โดยใน พ.ศ.2559 สสส. ได้รับการประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ (Integrity and Transparency Assessment : ITA) โดยสำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตในภาครัฐ (สำนักงาน ป.ป.ท.) ภาพรวมได้คะแนน ร้อยละ ๘๑.๔๑ ซึ่งถือว่ามีคุณธรรม และความโปร่งใสการดำเนินงานระดับสูงมาก

    การประเมินจากคณะกรรมการประเมินผลการดำเนินงานกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพที่คณะรัฐมนตรีเป็นผู้แต่งตั้ง โดยการเสนอแนะของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง ที่ผ่านมา สสส. ได้รับการประเมินผลการดำเนินงานอยู่ในเกณฑ์ดีมากมาโดยตลอด และในวาระครบรอบการดำเนินงานของกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ ๑๐ ปี ยังจัดให้มีการประเมินระดับสากล โดยคณะผู้ประเมินจากหน่วยงานนานาชาติ จากองค์การอนามัยโลก ธนาคารโลก และมูลนิธิร็อกกี้เฟลเลอร์ ซึ่งได้ชี้ว่า สสส. เป็นองค์กรแห่งการเรียนรู้ (Learning Organization) มีศักยภาพที่จะเรียนรู้และพัฒนา สามารถเป็นต้นแบบที่ดีของโลกและเป็นแรงบันดาลใจของประเทศกำลังพัฒนา โดยมีลักษณะเด่น ๔ ประการ คือ ๑) เป็นนวัตกรรมของกลไกทางการเงินเพื่อการสร้างเสริมสุขภาพที่ยั่งยืน (Innovative financing mechanism) ๒) เป็นการทำงานโดยอาศัยความร่วมมือจากหลายภาคส่วน (Multi-sectorial platform) แตกต่างจากประเทศอื่นหลายประเทศที่งานด้านการสร้างเสริมสุขภาพเป็นภารกิจของกระทรวงสาธารณสุขเท่านั้น ทำให้การทำงานด้านการสร้างเสริมสุขภาพมีประสิทธิภาพและเกิดความยั่งยืน ๓) มีความก้าวหน้าทางความคิดและการสร้างสรรค์นวัตกรรมในการสร้างเสริมสุขภาพ (At the cutting edge of innovation) ๔) โดดเด่นในเรื่องการสื่อสารสุขภาวะและการตลาดเพื่อสังคมในการสร้างสิ่งแวดล้อมให้เอื้อต่อการปรับพฤติกรรมสุขภาพ และการขับเคลื่อนนโยบายสาธารณะทางสุขภาพ ซึ่งคณะผู้ประเมินเห็นว่า การดำเนินงานของ สสส. ทำให้เกิดผลลัพธ์ด้านสุขภาพอย่างชัดเจน โดยมีจุดเด่นของการดำเนินงาน ทั้งเสริมสร้าง ช่วยเร่ง และสนับสนุนการปฏิบัติงาน การสร้างเสริมสุขภาพในประชากรกลุ่มเฉพาะ การเสริมสร้างองค์กรสุขภาวะ มุ่งเน้นทำงานในลักษณะเสริมพลังชุมชน และทำงานร่วมกับประชาสังคมระดับท้องถิ่น

    ทั้งนี้ คณะผู้ประเมินได้ชื่นชมกลยุทธ์และแนวทางการดำเนินงานของ สสส. ที่เน้นให้เกิดนโยบายสาธารณะเพื่อสุขภาวะ การใช้กลยุทธ์การสื่อสารทางการตลาดเพื่อหนุนให้เกิดการเปลี่ยนแปลงเชิงนโยบาย หรือการเปลี่ยนแปลงค่านิยมและวัฒนธรรม

    ตามพระราชบัญญัติกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ พ.ศ.๒๕๔๔ กำหนดสัดส่วน
คุณสมบัติ รายละเอียด และวิธีการในการสรรหาคณะกรรมการกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ โดยมีนายกรัฐมนตรี เป็นประธานกรรมการกองทุน และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข เป็นรองประธานกรรมการกองทุน คนที่ ๑ และมีคณะกรรมการ ที่มาจากส่วนราชการที่เกี่ยวข้อง ๙ หน่วยงาน อาทิ กระทรวงการคลัง กระทรวงมหาดไทย กระทรวงสาธารณสุข กระทรวงแรงงาน ร่วมเป็นคณะกรรมการกองทุนโดยตำแหน่ง นอกจากนั้น กำหนดให้มีคณะกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิจากหลากหลายสาขาวิชา เพื่อทำหน้าที่รองประธานกรรมการกองทุน คนที่ ๒ และกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ ซึ่งคัดเลือกจากนักวิชาการ ผู้ที่มีความเชี่ยวชาญ และผู้มีความสามารถด้านต่างๆ อีก ๘ ด้าน ได้แก่ ด้านการสร้างเสริมสุขภาพ ด้านการพัฒนาชุมชน ด้านการสื่อสารมวลชน ด้านการศึกษา ด้านการกีฬา ด้านศิลปวัฒนธรรม ด้านกฎหมายและด้านการบริหาร

    ในการแต่งตั้งกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ เป็นอำนาจของคณะกรรมการกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ ตามองค์ประกอบข้างต้น เป็นผู้พิจารณาคัดเลือกและแต่งตั้งผู้มีความเชี่ยวชาญในแต่ละสาขาเข้ามาทำหน้าที่ตามขั้นตอน ดำรงตำแหน่งวาระละ ๓ ปี ซึ่งตั้งแต่ที่มีการก่อตั้ง สสส. มีการแต่งตั้งผู้ทรงคุณวุฒิแล้ว ๖ ครั้ง ในแต่ละครั้งมีผู้ทรงคุณวุฒิทั้งที่อยู่เดิม และผู้ที่เข้ามาใหม่ โดยมีสัดส่วนผู้ทรงคุณวุฒิใหม่เข้ามาดำรงตำแหน่งเฉลี่ย ร้อยละ ๖๘

    กระบวนการคัดเลือกและแต่งตั้งที่ปรึกษาคณะกรรมการกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ
และคณะกรรมการบริหารแผนก็เช่นเดียวกัน มีการพิจารณาคัดเลือกนักวิชาการ หรือผู้ทรงคุณวุฒิที่มี
ความเชี่ยวชาญ มีความรู้ความสามารถด้านนั้นๆ และเป็นที่ยอมรับในสังคม ซึ่งบุคคลที่ได้รับการแต่งตั้ง
ส่วนใหญ่ เป็นบุคคลที่เป็นที่รู้จักอย่างกว้างขวาง สั่งสมประสบการณ์และความเชี่ยวชาญเฉพาะทางนั้นๆ
ที่ได้นำความรู้ ความสามารถที่สอดคล้องกับการดำเนินงานสร้างเสริมสุขภาวะ มาร่วมสนับสนุนการดำเนินงานของ สสส. และส่วนใหญ่มักเป็นผู้มีชื่อเสียงเป็นที่ยอมรับว่ามีความเชี่ยวชาญของประเทศ

    สสส. มีกระบวนการทำงานสอดคล้องตามหลักธรรมาภิบาลมาตลอดตั้งแต่ก่อตั้ง สสส.
ทั้งการเสนอโครงการ การกลั่นกรองทางวิชาการโดยผู้ทรงคุณวุฒิที่คณะกรรมการกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ จัดทำและทบทวนบัญชีรายชื่อทุกปี (ปัจจุบันมีจำนวนกว่า ๑,๐๐๐ รายชื่อ) การอนุมัติการตรวจสอบและติดตามประเมินผล

    คณะกรรมการประเมินผล สสส. นอกจากประเมินผลการดำเนินงานแล้ว ยังจัดให้มีการประเมินการบริหารจัดการที่ดีขององค์กร โดยได้ริเริ่มพัฒนาตัวชี้วัดด้านธรรมาภิบาลควบคู่ไปกับตัวชี้วัดด้านสมรรถนะและผลสัมฤทธิ์ของงานอย่างต่อเนื่องมาเป็นปีที่สี่ โดยอ้างอิงเกณฑ์องค์ประกอบจากหลักระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยการบริหารกิจการบ้านเมืองและสังคมที่ดี พ.ศ.๒๕๔๒ ซึ่งได้กำหนดหลักธรรมาภิบาลไว้ว่ามีองค์ประกอบ ๖ ประการ ได้แก่ ๑) หลักนิติธรรม ๒) หลักคุณธรรม ๓) หลักความโปร่งใส ๔) หลักการมีส่วนร่วม ๕) หลักความรับผิดชอบ และ ๖) หลักความคุ้มค่า

    ต่อมาในปีงบประมาณ พ.ศ.๒๕๕๙ ได้แบ่งการประเมินการบริหารจัดการที่ดีขององค์กรออกเป็น ๒ ส่วน คือ ๑) การประเมินผลการบริหารจัดการที่ดีตามหลักธรรมาภิบาลในกระบวนการที่สำคัญของ สสส. ๓ กระบวนการ ได้แก่ การวางแผนยุทธศาสตร์ การสนับสนุนทุน และการประเมินผล และ ๒) การประเมินผลการบริหารจัดการที่ดีตามหลักธรรมาภิบาลในด้านผลลัพธ์ ตามหลักธรรมาภิบาลทั้ง ๖ ประการ

    โดยผลการประเมิน ในปีงบประมาณ พ.ศ.๒๕๕๙ ได้คะแนนเฉลี่ยที่ ๘.๗๘ คะแนนจากคะแนนเต็ม ๑๐ คะแนน โดยผลการประเมินในแต่ละด้านสามารถสรุปได้ ดังนี้

    ๑) การประเมินผลธรรมาภิบาลในกระบวนการสำคัญทั้ง ๓ กระบวนการ (การวางแผนยุทธศาสตร์การสนับสนุนทุน และการประเมินผล) ตามหลักธรรมาภิบาลทั้ง ๖ ข้อ โดยพิจารณาจากการดำเนินการตาม ๕ ขั้นตอนสำคัญ ได้แก่ การมีการกำหนดหลักการหรือแนวปฏิบัติตามหลักธรรมาภิบาล การสื่อสารหลักการ หรือแนวทางปฏิบัติแก่ผู้เกี่ยวข้อง การดำเนินการตามหลักการหรือแนวปฏิบัติที่กำหนดไว้ การติดตามการดำเนินงานตามหลักการหรือแนวปฏิบัตินั้นๆ และการรายงานผลการดำเนินงานตามหลักการหรือแนวปฏิบัตินั้นๆ โดยภาพรวมทั้ง ๓ กระบวนการ มีคะแนนเฉลี่ยเท่ากับ ๔.๗๐ จากคะแนนเต็ม ๕ คะแนน โดยเมื่อแยกพิจารณาเป็นหลักการธรรมาภิบาลแต่ละข้อ พบว่า หลักการป้องกันผลประโยชน์ทับซ้อนมีคะแนนมากที่สุด คือ ๔.๙๓ คะแนน ตามมาด้วยหลักนิติธรรม ๔.๘๔ คะแนน หลักความถูกต้องชอบธรรม ๔.๘๐ คะแนน หลักการแสดงความรับผิดชอบต่อผลงาน ๔.๗๔ คะแนน หลักความโปร่งใส ๔.๕๗ คะแนน และที่ได้คะแนนน้อยที่สุดคือ หลักการมีส่วนร่วม ๔.๕๔ คะแนน ตามลำดับ

    ๒) การประเมินผลธรรมาภิบาลด้านผลลัพธ์ตามหลักธรรมาภิบาลทั้ง ๖ ด้าน โดยรวมมีคะแนนเฉลี่ย
เท่ากับ ๔.๐๘ จากคะแนนเต็ม ๕ คะแนน โดยเมื่อแยกพิจารณาเป็นหลักการธรรมาภิบาลแต่ละข้อ พบว่าหลักการแสดงความรับผิดชอบต่อผลงานมีคะแนนมากที่สุดคือ ๔.๕๖ คะแนน ตามมาด้วยหลักความโปร่งใส ๔.๕๐ คะแนน หลักนิติธรรม ๔.๐๐ คะแนน หลักความถูกต้องชอบธรรม ๔.๐๐ คะแนน หลักการป้องกันผลประโยชน์ทับซ้อน ๓.๗๕ คะแนน และหลักการมีส่วนร่วม ๓.๖๖ คะแนน ตามลำดับ

    สสส. สนับสนุนทุนให้แก่ภาคีรายใหม่ในสัดส่วนที่เพิ่มขึ้นทุกปี อาทิ ใน พ.ศ.๒๕๕๘ สัดส่วนภาคีผู้รับทุนรายใหม่เท่ากับ ร้อยละ ๘๔ ซึ่งมากกว่ารายเดิมถึง ๗ เท่า เพื่อขยายการทำงานให้ครอบคลุมพื้นที่ และประเด็นที่เกี่ยวข้อง อย่างไรก็ตามการทำงานของ สสส. เน้นให้เกิดผลลัพธ์การดำเนินงานตามตัวชี้วัดที่กำหนดไว้ตามพันธกิจของกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ การสนับสนุนการดำเนินงานของภาคีเครือข่ายกลุ่มเดิมที่มีภารกิจในด้านต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง ทั้งหน่วยงานภาครัฐ กระทรวง ที่มีบทบาทหน้าที่ตรง หน่วยงานภาคเอกชน มูลนิธิ ตลอดจนเครือข่ายภาคประชาชนที่มีความเข้มแข็งในการดำเนินงานและเป็นผู้ที่สั่งสมประสบการณ์ในแต่ละประเด็นมายาวนาน จึงเป็นเรื่องจำเป็นในการร่วมมือทำงานสร้างเสริมสุขภาพกับภาคีบางกลุ่ม แต่ในช่วง พ.ศ.๒๕๕๑-๒๕๕๘ พบว่า ทุกปี สสส. สนับสนุนการทำงานให้กับหน่วยงานภาครัฐซึ่งมีสัดส่วนเป็นอันดับหนึ่งของภาคีรายใหม่

    การที่ สสส. ทำงานกับหน่วยงานภาครัฐมากที่สุด เนื่องจาก สสส. มีหน้าที่เป็นตัวเร่ง สาน เสริม และลดช่องว่างในการทำงานตามแผนยุทธศาสตรฯ์ ที่สอดคล้องกับบทบาทของ สสส. โดยไม่ซ้ำซ้อนกับงบประมาณปกติ ซึ่งหน่วยงานภาครัฐที่รับทุน สสส. นั้น มีทั้งที่เป็นกระทรวง กรม โรงเรียน สถาบันการศึกษา หน่วยงานสาธารณสุข โรงพยาบาล สถานีอนามัย องค์การบริหารส่วนจังหวัด องค์การบริหารส่วนตำบล เทศบาล ฯลฯ ส่วนมูลนิธิ มีทั้งที่เป็นองค์กรการกุศล มูลนิธิไม่แสวงกำไร องค์กรสาธารณประโยชน์ (NGO) องค์กรชุมชน องค์กรชาวบ้าน ที่ทำงานลงไปสู่ชุมชน และประชาชนเช่นเดียวกับภาครัฐ