คณะกรรมการกองทุน มีอำนาจหน้าที่ควบคุมดูแลการดำเนินกิจกรรมกองทุนในระดับนโยบาย และกำหนดงบประมาณในภาพรวม ออกหลักเกณฑ์ กฎระเบียบ ข้อบังคับที่สำคัญในการดำเนินงาน กำกับดูแลฝ่ายบริหาร รวมทั้งควบคุมผลการปฏิบัติงานของผู้จัดการ ซึ่งเป็นหัวหน้าฝ่ายบริหาร ให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์ที่กำหนดไว้ โดยมีนายกรัฐมนตรีเป็นประธานคณะกรรมการ และกองทุนรายงานผลการดำเนินงานต่อคณะรัฐมนตรี สภาผู้แทนราษฎร และวุฒิสภาประจำทุกปี

คณะอนุกรรมการ ซึ่งคณะกรรมการกองทุนแต่งตั้งขึ้น คือ คณะกรรมการบริหารแผนพัฒนา กำกับดูแลการดำเนินงานตามแผนให้บรรลุผล ปัจจุบันมี 8 คณะ และคณะอนุกรรมการเฉพาะด้าน เช่น คณะอนุกรรมการกำกับดูแลการตรวจสอบภายใน คณะอนุกรรมการนโยบายทางการเงิน เป็นต้น

คณะกรรมการประเมินผล ซึ่งแต่งตั้งโดยคณะรัฐมนตรี เป็นอิสระจากคณะกรรมการกองทุน เพื่อประเมินผลด้านนโยบายและการกำหนดกิจกรรมของกองทุน ติดตาม ตรวจสอบและประเมินผล การดำเนินงานของกองทุน และรายงานผลการปฏิบัติงานพร้อมทั้งข้อเสนอแนะต่อคณะกรรมการกองทุนในทุกรอบปี