ที่มา : ศูนย์วิจัยและจัดการความรู้เพื่อการควบคุมยาสูบ (ศจย.) / กรมสรรพสามิต / สำนักงานสถิติแห่งชาติ / โรงงานยาสูบ
อย่างไรก็ตาม แม้ว่าอัตราการบริโภคยาสูบและสุราจะเปลี่ยนแปลงไปในทิศทางที่ลดลงกว่าแนวโน้มเดิมการจะสรุปว่า ผลการดำเนินงานของ สสส. ประสบความสำเร็จหรือไม่นั้น ไม่ได้ขึ้นอยู่กับการเพิ่มหรือลดการบริโภคสุราและยาสูบ เพราะนอกจากไม่เป็นธรรมกับการดำเนินงานของ สสส. แล้ว ยังไม่สอดคล้องกับข้อเท็จจริง เนื่องจากวัตถุประสงค์การทำงานของ สสส. ครอบคลุมการสร้างเสริมสุขภาพแบบองค์รวมโดยตัวชี้วัดที่เกี่ยวข้องกับสุราและยาสูบเป็นเพียงส่วนหนึ่งของตัวชี้วัดขององค์กร ซึ่งปกติจะมีประมาณ ๑๒๐-๑๖๐ ตัวชี้วัด จาก ๑๕ แผนเท่านั้น และการควบคุมยาสูบและเครื่องดื่มแอลกอฮอล์เป็นการดำเนินงานร่วมขององค์กรต่างๆ จำนวนมาก
ตัวชี้วัดขององค์กร สสส. ถูกกำหนดจากงานที่ทำ ซึ่งได้แบ่งการทำงานเป็นประเด็นต่างๆ โดยใช้การศึกษาภาวะโรคของประเทศไทยที่วิจัยว่า คนไทยมีปัญหาจากปัจจัยเสี่ยงและภาระโรคใดบ้างเป็นอันดับต้นๆ อาทิ สุรา ยาสูบ อาหาร สุขภาวะทางเพศ ฯลฯ รวมทั้งยังพิจารณาถึงกลุ่มประชากรที่มีความสำคัญตามหลักวิชาของการสร้างเสริมสุขภาพ อาทิ กล่มุ เด็กเยาวชน กลุ่มผู้ด้อยโอกาส ทำให้ สสส. แบ่งแผนเชิงปฏิบัติการตามหลักคิดยุทธศาสตร์และข้อมูลทางวิชาการ และกำหนดประเด็นการทำงานทั้งสิ้น ๑๕ แผน ได้แก่ (๑) แผนควบคุมยาสูบ (๒) แผนควบคุมเครื่องดื่มแอลกอฮอล์และสิ่งเสพติด (๓) แผนการจัดการความปลอดภัย และปัจจัยเสี่ยงทางสังคม (๔) แผนควบคุมปัจจัยเสี่ยงทางสุขภาพ (๕) แผนสุขภาวะประชากรกลุ่มเฉพาะ (๖) แผนสุขภาวะชุมชน (๗) แผนสุขภาวะเด็ก เยาวชน และครอบครัว (๘) แผนสร้างเสริมสุขภาวะในองค์กร (๙) แผนส่งเสริมกิจกรรมทางกาย (๑๐) แผนระบบสื่อและวิถีสุขภาวะทางปัญญา (๑๑) แผนสร้างสรรค์โอกาสและนวัตกรรมสุขภาวะ (๑๒) แผนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพผ่านระบบบริการสุขภาพ (๑๓) แผนพัฒนาระบบและกลไกสนับสนุนเพื่อการสร้างเสริมสุขภาพ (๑๔) แผนอาหารเพื่อสุขภาวะ และ (๑๕) แผนสร้างเสริมความเข้าใจสุขภาวะ
ในมาตรา ๓๗-๓๙ แห่งพระราชบัญญัติกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ พ.ศ.๒๕๔๔ ได้กำหนดแนวทางการประเมินความสำเร็จของการดำเนินงานของ สสส. โดยให้อำนาจคณะกรรมการประเมินผลการดำเนินงาน สสส. ซึ่งจะต้องเป็นผู้ที่มีความรู้ด้านการเงินและการประเมินผล (แต่งตั้งจากคณะรัฐมนตรี โดยการเสนอแนะของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง) เป็นผู้กำหนดตัวชี้วัดผลการดำเนินงานตามภารกิจของ สสส. ตามหลัก balanced scorecard ซึ่งคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ เสนอคณะรัฐมนตรี ให้ใช้เป็นกรอบการประเมินกองทุนหมุนเวียน และได้ผนวกหลักเกณฑ์การประเมินกองทุนหมุนเวียนของกรมบัญชีกลางกระทรวงการคลัง รวมเป็น ๕ ด้าน ได้แก่ ๑) ด้านผลสัมฤทธิ์ตามพันธกิจ ๒) ด้านการเงิน ๓) ด้านการปฏิบัติการ ๔) ด้านการสนองประโยชน์ต่อผู้มีส่วนได้ส่วนเสีย และ ๕) ด้านการบริหารพัฒนาทุนหมุนเวียน
ทั้งนี้ คณะกรรมการประเมินผลการดำเนินงาน สสส. ได้สรุปผลการประเมินด้านผลสัมฤทธิ์ตามพันธกิจของ สสส. อยู่ในระดับดีขึ้นอย่างต่อเนื่อง โดยผลการประเมินในปีงบประมาณ พ.ศ.๒๕๕๙ สสส. มีผลสัมฤทธิ์ตามพันธกิจอยู่ที่ระดับ ๔.๗๙ คะแนน จากคะแนนเต็ม ๕.๐๐ คะแนน และผลการดำเนินงานในด้านอื่นๆ อยู่ในระดับดีและดีมาก ส่งผลให้ภาพรวมผลการดำเนินงานขององค์กรในปีงบประมาณ พ.ศ.๒๕๕๙ ได้คะแนนรวมเฉลี่ยอยู่ที่ ๔.๕๖ คะแนน
นอกจากนี้ การดำเนินงานควบคุมยาสูบและเครื่องดื่มแอลกอฮอล์เป็นการทำงานที่ต้องอาศัยความร่วมมือของหลายฝ่าย ทั้งหน่วยงานภาครัฐ ภาคประชาสังคม และหน่วยงานเอกชน โดยเฉพาะผู้มีอำนาจในการกำหนดนโยบายตามแผนยุทธศาสตร์ชาติ เพื่อให้การดำเนินการควบคุมยาสูบและเครื่องดื่มแอลกอฮอล์เกิดความสำเร็จสูงสุด ตามแผนยุทธศาสตร์การควบคุมยาสูบแห่งชาติ พ.ศ.๒๕๕๗-๒๕๖๒ ที่ได้กำหนด ๖ ยุทธศาสตร์การดำเนินงาน และแผนยุทธศาสตร์นโยบายแอลกอฮอล์ระดับชาติ พ.ศ.๒๕๕๔-๒๕๖๓ ได้กำหนด ๕ ยุทธศาสตร์การดำเนินงาน ซึ่งมีหน่วยงานมากกว่า ๒๐ หน่วยงาน ที่เป็นส่วนสำคัญในการดำเนินงานตามแผนยุทธศาสตร์ชาติ
ดังนั้นตลอดระยะเวลาในการดำเนินงานที่ผ่านมาของ สสส. ตระหนักดีว่าความสำเร็จในการลดอัตราการสูบบุหรี่และบริโภคสุราของประชากรไทยไม่ใช่ผลงานของ สสส. หรือภาคีเครือข่ายเพียงหน่วยงานใดหน่วยงานหนึ่ง แต่เป็นความร่วมมือและถือเป็นความสำเร็จจากการทำงานร่วมกันของทุกหน่วยงานตามภารกิจที่อยู่ในความรับผิดชอบของตนเอง ซึ่งล้วนส่งผลต่อการเพิ่มขึ้นหรือลดลงของอัตราการสูบบุหรี่และบริโภคสุราที่ทุกหน่วยงานได้ร่วมมือกันในการดำเนินงานอย่างเต็มที่